È un centro importante situato tra il territorio del Comune di Milano e il corso del fiume Adda, solcato dal Naviglio della Martesana, lungo l'asse della statale 11, la cui esistenza risale all'epoca romana.
Per lungo tempo si è ritenuto che il nome Gorgonzola derivasse dal latino "Curte Argentia" che pare indicasse un insediamento nei pressi della città romana di Argentia, situata tra Milano e Bergamo oppure, secondo altre interpretazioni un luogo di cambio dei cavalli al 14esimo miglio sulla strada verso Bergamo, nel tempo il nome avrebbe subito la modifica in Curt-argentia, cort-argentiola ed infine Gorgonzola. Un'ipotesi più recente è quella che vuole il nome derivare dalla dea Concordia, trasformatosi poi in Corcondiola e infine in Gorgonzola.
Le prime tracce scritte che citano l'abitato di Gorgonzola risalgono al X secolo, pare che il notaio chierico del convento di Sant'Ambrogio a Milano fosse il custode della chiesa dei Santi Gervasio e Protasio in "Gorgontiola".
Nel 453 la pieve sita ove si trova l'attuale Gorgonzola fu attaccata dagli Unni che distrussero la vicina città romana di Argentia facendo sì che il piccolo abitato, costituito in precedenza da una sola "mutatio" (stazione per il cambio dei cavalli), diventasse l'insediamento più popoloso dei territori circostanti.
Nel 1176 Gorgonzola aderì alla Lega Lombarda, nel 1245, nel corso degli scontri che seguirono la Pace di Costanza del 1183 e che coinvolsero gli eredi di Federico Barbarossa, durante l'assalto da parte di Federico II ai bastioni di Milano le forze lombarde dovettero ripiegare fino a Gorgonzola, vi furono degli scontri e i comandanti di entrambe le fazioni furono catturati dai loro nemici. A Gorgonzola fu custodito re Enzo, il figlio dell’imperatore nonché Vicario Imperiale per la Lombardia.
Nel 1288 Gorgonzola viene citata come una delle pievi più importanti della Diocesi di Milano e nel 1510 appare per la prima volta su un documento il nome attuale
Feudo dei Marliani e dei Trivulzio, negli ultimi secoli la storia locale si è spesso intrecciata con quella della nobile famiglia Serbelloni: a uno dei migliori architetti, il ticinese Simone Cantoni (1736-1818), si devono i disegni della neoclassica parrocchiale dei Santi Gervasio e Protasio, voluta da Gian Galeazzo Serbelloni, che conserva accanto la tomba collettiva della famiglia. Alla famiglia Serbelloni apparteneva la notevole Villa Sola Busca, d'origini cinquecentesche, con il suo giardino pubblico orientato verso la Martesana.
. . Nota per il celebre formaggio erborinato, assunse importanza commerciale dalla fine del Settecento con l'istituzione della fiera di Santa Caterina.

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